3.设立资源暴利税。借鉴某些矿业发达国家的做法。设立资源暴利税。将资源价格大幅上升而产生的大部分超额收益纳为国有。实际操作上以销量为基数乘以具体税额，税额的设定应主要参照资源的市场价格，适当参照国内其他行业的平均利润水平。资源暴利税标准应每过几年重新核准一次，但是除非价格发生重大变化，应确保该标准的稳定性，不断变化的制度会给投资者不好的印象。
4.完善税收优惠政策。总的指导思想为前期优惠、鼓励技术革新、鼓励寻找替代能源、鼓励产业集中。在前期勘查及开发阶段应适当鼓励，对勘查和开发支出的税收实行优惠处理（加速折旧、扣减、资本化、当期摊销等）；对可以提高生产技术的设备引进等也实行上述优惠以鼓励技术革新；实行耗竭补贴，在每个纳税年度中从净利润中扣除一部分给衰老煤矿，用于寻找新矿体，减轻煤炭结构调整和衰老矿区转产的负担；采取措施整顿行业，提高产业集中度，通过税收减免等措施扶持那些表现优秀的大型企业。
5.设立环境税。目前我国环境问题日益突出，征收环境税以实现可持续发展刻不容缓，应至少开征水资源税、森林草场资源税和土地资源税。还可开征空气污染等税目。计税依据应以实际生产、使用或排放量为基数，从量定额课税。税率总的原则应该从高，但不宜太复杂，对不同地区、不同企业采取差别税率。为了鼓励保护环境，可以每年从环境税中返回部分给表现突出的企业。
6.理顺地方与中央关系。体现国家对矿产资源所有权的权利金、红利及资源暴利税。应归中央所有，统一划入财政收入，再对各个相关部门进行分配；体现采矿外部成本的环境税则应归地方，并将各地权利金按一定比例再返回给地方以调动地方政府积极性。地方政府需要有效监督各矿山的计税额度即资源储量，并和国家部门一起制定税额标准。同时赋予地方政府一定权力，在一定范围内上下浮动税率。
以上就是煤炭税收制度改革建议的主要内容。