2004年，日本环境省为当地政府制定了指导准则，用于处理由次声波噪音引起的问题。该准则的发布主要针对由工厂或建筑工地频率在20到200赫兹的次声波造成损害。然而，风力涡轮机产生的次声波频率太低，不受该准则的约束。
日本《噪音管制法》(Noise Regulation Law)规定了工厂和建筑工地的噪音水平，同时，《环境影响评价法》(Law for Assessment of Environmental Impacts)也规定大型发展项目启动之前，应该评估其对周围地区的影响。但是风力涡轮机不在两法的管辖范围之内。
无论是在日本国内还是在国外，目前还没有任何分析次声波和人类健康之间关系的。和歌山市(Wakayama)医生Fumitaka Shiomi研究次声波噪音问题长达30年，他表示“次声波噪音会损害人类健康。除非立即采取措施，否则将会出现严重问题。”
但日本环境省大气环境课负责人Tomohiro Shishime表示“首先，我们要考察实际情况。环境省目前正要求当地政府收集类似投诉。”日本足利工业大学(Ashikaga Institute of Technology)院长Izumi Ushiyama致力于风力涡轮机的推广，他表示“在听取运营商和居民的意见之后，我们会寻找解决办法。”
风力发电对鸟类也构成了威胁，鸟类常常撞死在涡轮机旋转的叶片上。日本环境省证实，从2003财年开始，13只罕见物种白尾雕就这样被夺去生命。日本野鸟协会(Wild Bird Society of Japan)自然保护办公室副主任Yukihiro Kominami认为，这些例子仅是冰山一角。他说“我们必须尽快找出各个地区存在的类似问题，否则我们将看到鸟类继续受到伤害。”
