（一）重要江河湖泊水功能区水质达标率
重要江河湖泊水功能区水质达标率指水质评价达标的水功能区数量与全部参与考核的水功能区数量的比值（单位为百分比）。计算公式为：重要江河湖泊水功能区水质达标率 =（达标的水功能区数量/参与考核的水功能区数量）×100%。
重要江河湖泊水功能区水质达标率达到年度目标值者，得分为9分（南方）/6分（北方）；低于目标值者，不得分。
（二）重要水功能区污染物总量减排量
重要水功能区污染物总量减排量指重要水功能区内主要污染物年入河总量较上年减少量。“十三五”期间选择部分重要水功能区进行核算，主要污染物入河总量较上年度减少的，本项指标得分。
重要水功能区污染物总量减排量较上年度减少者，得分为3分（南方）/2分（北方）；不减少者，不得分。