《水污染防治专项资金绩效评价办法》要求，水污染防治绩效评价工作应分级实施，各级财政、环境保护部门按照要求及职责分工组织开展绩效评价工作，评价结果由省级财政和环保部门报财政部、环境保护部，由两部对各省上报的绩效评价报告进行审核、抽查等，并依此进行“奖优惩劣”。同时，对于预算执行中的绩效监控，《水污染防治专项资金绩效评价办法》分别对资金管理及使用、年度实施方案与水污染防治中央储备库的衔接、项目建设等方面提出了管理要求，督促绩效目标有效实现。
此外，《水污染防治专项资金绩效评价办法》还要求各省根据实际情况，制定本地区绩效评价实施细则，提高绩效评价工作的效率等，并对绩效评价工作中的信息公开制度、第三方参与等提出了具体要求。
近期，各省财政部门、环境保护部门将根据《水污染防治专项资金绩效评价办法》，开展2016年度水污染防治专项资金绩效评价工作，环境保护部、财政部将根据相关结果对专项进展及成效等进行分析，优化专项管理，提高水污染防治专项资金使用效益，推动水污染防治行动计划目标实现。