(三)规范审查核发
有核发权的环保部门，要按规定在全国排污许可证管理信息平台(管理端网址：http://10.102.33.30:8080/permit/login.jsp)上，审核企业申请材料的合规性和完整性。按照《排污许可证管理暂行规定》的程序和排污许可证样本，核发全国统一编码的排污许可证。2015年1月1日前建成投产的项目，要按照现有污染源管理，其余项目按照新增污染源管理。
(四)集成管理要求
对已核发排污许可证的企业，各级环保部门要将对企业废水、废气排放环境监督管理要求集成到对排污许可证执行情况的统一监管上。新增污染源环评文件及批复文件中与污染物排放相关的内容须纳入排污许可证，排污许可证执行情况是环境影响后评价中污染排放相关内容的重要依据。在实施污染物排放总量控制时，排污许可证规定的许可排放量即为企业的污染物排放总量控制指标，总量核算应当采用排污许可证执行过程中的实际排放量。经核定的企业排污许可证实际排放量是环保部门征收排污费及企业报送环境统计数据的唯一依据。污染排放数据核算方法与排污许可证规定不一致的，应当及时废止。
(五)强化环境监管
地方各级环保部门应当根据行政区域内火电、造纸企业分布情况，制定监管计划，尽早开展排污许可证执行情况监督检查，重点检查公众投诉多的企业;2017年下半年应当对火电、造纸企业无证排污行为集中开展监管执法。要督促企业按照排污许可证要求运行维护污染治理设施、开展自行监测、做好台账记录，按期上报排污许可证执行情况，确保按证排污。环保部门应当公开检查结果、执法监测结果、处罚结论等监管信息，鼓励社会公众、媒体等参与监督。
