据了解，卡拉麦里自然保护区于1982年建立，担负着阻隔古尔班通古特沙漠向东扩张的重任，保护区内繁衍生息着3万多只野生动物，包括普氏野马、蒙古野驴、鹅喉羚等48种国家重点保护珍稀动物，是我国重要的马科动物栖息地，野生动植物物种的“天然基因库”，也是我区从事生态研究和生态监测的理想基地。
近年来，保护区自然保护与社会经济发展之间的矛盾日益突出，保护区从2005年至2015年先后进行过5次调减，用于煤炭资源开发，面积也从最初的1.8万余平方公里缩减至1.3万平方公里。而为了推动新疆北部经济的发展，部分高铁、高速项目也在穿越保护区。
对此，2016年，新疆维吾尔自治区政府决定停止第六次面积调减。原计划调减地区所在地阿勒泰富蕴县政府表示，已经停止保护区内所有建设开发活动，企业也已撤出。