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2016年，按照《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）评价，全国入海河流水质状况总体为轻度污染，同比有所好转。开展监测的192个入海河流断面中，无Ⅰ类水质断面，Ⅱ类水质断面26个，占13.5%；Ⅲ类水质断面64个，占33.3%；Ⅳ类水质断面49个，占25.5%；Ⅴ类水质断面20个，占10.4%；劣Ⅴ类水质断面33个，占17.2%，主要超标因子为化学需氧量、五日生化需氧量、高锰酸盐指数。

2016年，对419个日排污水量大于100立方米的直排海工业污染源、生活污染源、综合排污口进行了监测。全国直排海污染源污水排放总量65.7亿吨，同比有所增加，但主要污染物化学需氧量、石油类、氨氮、总磷等排放量同比有所降低。

2016年，全国渔业生态环境监测网对四大海区的40个重要鱼、虾、贝、藻类的产卵场、索饵场、洄游通道、保护区及重要养殖水域进行了监测，监测水域总面积595.89万公顷。监测结果显示，海洋天然重要渔业水域主要超标因子为无机氮和活性磷酸盐；海水重点增养殖区主要超标因子为无机氮、活性磷酸盐和化学需氧量；国家级海洋水产种质资源保护区主要超标因子为无机氮和化学需氧量。