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充分贯彻中央决策部署并衔接国务院相关部门专项规划。《水十条》发布以来，党中央、国务院及相关部门又陆续出台了一系列重要文件，各地《水十条》实施也取得了新进展。《规划》编制及时把握水污染防治工作动态，与相关文件进行了充分衔接。

流域精细化管理水平大幅提升。我国自“九五”治理“三河三湖”以来就确立了分区管理的思想，经过四期重点流域水污染防治五年专项规划不断发展完善。

规划项目实施采取动态管理方式。考虑到水污染防治进程的动态性和不确定性，结合“十二五”规划实施经验，《规划》中不列具体项目清单，而采取动态管理的方式，衔接重点流域水环境综合治理项目储备库与水污染防治行动计划项目储备库等已有工作，建设中央和省级重点流域水污染防治规划项目储备库。

重点流域水污染防治规划项目由各地自主推进实施。各省（自治区、直辖市）有关部门根据本行政区重点流域水污染防治工作的需要，组织设计和筛选工程项目，建立省级项目库，提前谋划并做好项目可行性研究等前期准备工作，加强项目储备并定期更新，根据水质改善需求有选择地实施，提升项目的针对性和效益。